イグナリナ原子力発電所は、リトアニア・ヴィサギナスにある同国唯一の原子力発電所である。なお、イグナリナとはヴィサギナスから最も近い街の名前。リトアニアは欧州連合（EU）との加盟交渉で、チェルノブイリ原発と同型式で安全上の懸念があるイグナリナ原発の2つの原子炉を2009年までに停止することで合意、1号機を2004年末に、残る2号機を2009年12月31日に停止した。ソビエト連邦時代に建設された原発であるため1986年に原発事故を起こしたチェルノブイリ原発と似た構造をしており、その危険性が指摘されていた。なお、イグナリナ原発に代わる原子力発電所の建設も計画されているが、進んでいない。
ヴィサギナスは、発電所で働く人々の居住区として新たに作られた街だった。元々そこは村すらもないところであったため、インフラ整備から開拓したようなものであった。水冷のために水の供給が必要であったため、リトアニア最大の湖として知られるドルークシェイに近くであったこの場所が選ばれた。なお、この湖はベラルーシとの国境に位置している。環境保護団体などはこの湖が原発に用いる水を供給するには小さすぎることを懸念しており、また平均水温の上昇が湖の生態系に影響を与えることも指摘している。
イグナリナ原子力発電所はRBMK-1500型の原子炉で構成されている。ソビエト式のRBMK-1500型原子炉は、元々は1,500メガワット（150万キロワット）の電力を生み出す世界で最も強力な原子炉であったが、今では他の原子炉に取って代わられている。なお、チェルノブイリ原発事故の後は1,360メガワットにまで落とされていた。
建設準備は1974年から始められ、現地調査が開始されたのはその4年後であった。
1983年に第1号機の運転が開始され、その後1986年に第2号機が完成した。そのまま運転も開始される予定であったが、チェルノブイリ原発事故の影響で運転開始が1年延期され、翌年1987年に運転を開始した。また、同様の影響から第3号機の建設も延期され、結局1989年に建設計画は中止、そのまま解体された。
イグナリナ原発の原子炉は、チェルノブイリ原発の RBMK-1000 型と炉心の格納構造の脆弱性という点で類似していることから、欧州連合（EU）は原発の閉鎖を求めていた。そしてリトアニアもEU加盟に際して現存する原子炉の操業を停止することに同意していた。第1号機の操業停止前までリトアニアの全電力のおよそ 80 % を供給しているなど、リトアニアは、フランスとともにヨーロッパで最も原発に依存する国であった。そのため、EUは2013年まで原子炉廃用のための費用や補償のために資金援助することを決めている。
しかし一方で原発の操業停止にはリトアニア国民の強烈な反対もあった。発電所は地元経済を支えており、地元住民の補償のために観光などの新たな産業が促進されている。また操業停止に伴う電気料の高騰も指摘されており、多額の費用負担を懸念する声もある。
結局リトアニアは、EU加盟（2004年5月）に際し、2004年12月31日に第1号機の運転を終了した。同様に第2号機も2009年までの閉鎖が予定されていたが、同機は2006年までリトアニア国内の全供給の 70 % にあたる電力を供給しており、原発に大きく依存するリトアニアにとって第2号機の閉鎖は現実的な選択とは言えなかった。2008年10月12日に操業の続行をめぐる国民投票が行われ、投票者のおよそ9割は操業続行を支持したが、国民投票自体は投票率が50%を下回ったために無効となった。
リトアニアで電力の7割以上を供給し、近隣国にも電力を輸出してきたイグナリナ原子力発電所であったが、操業続行にならぬまま、EU加盟交渉での合意通り2009年12月31日夜11時（日本時間1日午前6時）に操業を停止した。リトアニアは、国内の火力・水力発電とロシアやウクライナなど近隣国からの電力輸入で需要をまかなう計画だが、電気料金は家庭向けが30％企業向けが20％値上がり（前年比）し、ロシアへのエネルギー依存も強まるとみられ、また、経済への影響が懸念されている。
詳細は「ヴィサギナス原子力発電所」を参照
操業停止により起こりうる電力不足に対応するため、イグナリナ原発と同じ場所に新たな原発を建設するべきだという議論が1990年代から2000年代にかけて起こった。2006年2月27日、トラカイでのバルト三国の首相による会合で、3カ国はそれぞれの国営電力会社に対してリトアニアの新原発建設計画に投資するよう働きかける旨の公式声明を発表した。2007年6月28日、リトアニア議会は新原発建設のための新法を成立させ、建設は実行に移されることとなった。2008年7月30日、リトアニア・ラトビア・エストニア・ポーランドの電力会社は、3,000〜3,200ワットの電力を供給する新原発建設に向けて、ヴィサギナス原子力発電所会社の開業に同意した。新原発の操業開始は2015年〜2018年になるものとみられている。なお、エストニアのアンシップ首相とエストニア電力のリーヴェC.E.O.は2008年10月31日、「エストニアが原子力発電の道を選択するのであれば、独自建設の路線が優先される」と述べ、リトアニアの新原発建設計画参加よりも自国の原発建設を優先することを示唆している。
