長崎バイオパーク（ながさきバイオパーク）は、長崎県西海市にある動物園である。バイオパーク株式会社が運営している。
長崎オランダ村に先立って1980年11月に神近義邦が開園した。神近は西彼町役場職員から東京・永田町の料亭「一条」の幹部となった人物で、一条の所有する西彼町の土地に1973年に開園した観光果樹園をもとに「伊豆シャボテン公園」の創設者である東京農業大学近藤典生教授の指導により、「人と自然の調和」を主題にした自然動植物公園「長崎バイオパーク」を1975年より建設。総工費約2億円は、一条の顧客で神近と親しかった地元の親和銀行が出資した。
大型の肉食動物は飼育していないが、リャマ・カピバラ・リスザルなど哺乳類を中心に淡水魚、昆虫類まで多数飼育している。また、1994年には日本で初めてカバの人工哺育に成功した。行動展示も積極的に行っている。
園内は檻などが少なく、シロサイやシマウマなどの動物を除いてほとんどの動物を間近で見ることができ、餌付けもできる。他のゾーンとの仕切りは低い塀や水路・暗い通路などで、それぞれの動物の習性により他のゾーンへ逃げ出すことは少ないが、カピバラやマーラなどはたまに他の区域にも出没する。
2008年6月19日 マレーシア国立マラッカ動物園と姉妹動物園提携を結んだ。これに伴い、マレーシア国立公園・動物園管理局ならびにPAMAJAからコツメカワウソ10頭が寄贈されることが決まった。2009年1月現在 先行して寄贈された4頭のコツメカワウソが展示されている。
2005年春より福岡市郊外の福岡県久山町にあるショッピングモール「トリアス」に「トリアスふれあい動物園」を開園した。「長崎バイオパーク」から主要な動物が1-10匹程度派遣され、狭い敷地面積ながらかなりの動物の種類が放し飼いされており「ミニバイオパーク」的なふれあいが体験できる。入園料は3歳以上300円。
2015年2月から松浦市が運営する鷹島モンゴル村の指定管理者となり、同年8月1日のリニューアルオープン以降の施設運営を担当していたが、不振のため2016年10月を持って撤退した。
園内は順路に沿って歩いて観覧する。12のゾーンに分かれているが、そのうち最初の4つは往路と復路の両方で通る。また、園全体が雑木林と照葉樹林内にあり、在来の動物も見かけられる。
「モモ」は、長崎バイオパークで人工哺育によって育てられたカバである。
1994年3月6日に誕生したが、普通のカバは水中で出産するところを陸上で産み落とされたため、子カバ（モモ）は動くことができず衰弱していった。ここで職員が子カバを取り上げ、人工哺育が始まるが、その年の5月に池に戻っても水を恐れて泳げなかった。ここでも職員が泳ぎの訓練を行う。最初は水に入っても鼻孔や耳を閉じることができなかったが、訓練を経て泳げるようになった。モモの訓練の様子はテレビ番組などでもたびたび取り上げられ、絵本にもなった。6月1日には公募によって「モモ」という名前がつけられた。
そんなモモも2016年現在では5児の母となり、一家とともにカバの池で愛嬌を振りまく。
このモモの保育に携わったバイオパーク職員の伊藤雅男はチョウの研究も行っており、アサギマダラのマーキング調査で近畿地方と長崎県の間の長距離移動を実証したことでも知られている。また、バイオパークの温室で生きたチョウの展示を行っていた時期には、日本でも有数の高い飼育技術で、低コストで熱帯のチョウを大量増殖して常時展示する体制を構築するのに大きく貢献していた。
年中無休・10:00-17:00・入園は16:00まで。
大人1,700円・中高生1,100円・3歳以上小学生以下800円。ただし15人以上の団体や学校・幼稚園・保育園には団体割引がある。大人8,000円・3歳-小学生4,000円の年間パスポートもある。
園内の飲食や餌付け用の餌は別料金が必要である。また、別料金が必要な施設やイベントもある。
長崎市からは長崎バスの大串行きに乗車。
佐世保市からの場合は、ハウステンボス駅前（ホテルローレライ）・ハウステンボス入国棟前 - バイオパーク間の無料送迎がある
